Laboratorul de Studii Genetice în Patologia Infecţioasă




În urma unui proces continuu de dezvoltare tehnicile bazate pe analiza acizilor nucleici promit să devina noul standard de aur în detecţia, identificarea şi caracterizarea agentilor patogeni. Dintre aceste noi tehnologii diversele variante ale Real-Time PCR şi tehnicilor înrudite sunt cele mai potrivite pentru utilizarea în laboratorul de diagnostic clinic. Tehnicile microarray şi flowcitometrie se anunta drept viitoare candidate la adoptarea pe scara largă deoarece permit procesarea unui volum mare de date genrate în cadrul aceluiaşi experiment.


Datorită numărului mare de aplicaţii şi posibilităţii permanente de  dezvoltare a unor noi aplicaţii adiţionale, tehnicile bazate pe acizi nucleici înlocuiesc în prezent strategiile convenţionale de identificare a microorganismelor patogene fie că sunt folosite în analiza coloniilor suspecte identificate prin metode curente fie pentru detecţia directă în probe biologice.

Departamentul de Genetică moleculară dispune de tehnologie modernă utilă microbiologiei clinice actuale pentru detecţia, cuantificarea şi genotiparea ADN/ARN non-self prin metode PCR. Astfel, în anul 2008, platformele COBAS Amplicor Roche şi Real-Time PCR RotorGene-Corbett 6200 HRM au permis evaluarea a peste 200 cazuri cu hepatită virală de tip C. Un rol determinat în implementarea şi optimizarea acestor metode l-a costituit finanţarea a 2 proiecte de cercetare tip A în cadrul competiţiei CNCSIS din anul 2007. De asemenea, începând cu anul 2009 am optimizat metoda Real-Time PCR de detecţie şi genotipare a Virusului Papilloma Uman (HPV - Human Papilloma Virus) ce combina evaluarea cantitativă a semnalului cu analizarea curbelor de topire.

 



Echipamente utilizate:

  • Analizorul COBAS Amplicor (Roche)


Analizorul Cobas Amplicor este primul sistem ce a integrat si automatizat complet etapele de amplificare specifică a acizilor nucleici prin metoda PCR și detecția ampliconilor. Este un sistem format din 5 componente: termocicler, pipetor automat, incubator, stație de spălare și un cititor.


Testele  COBAS AMPLICOR  sunt bazate pe patru procese majore:

- prepararea probelor – izoarea șI purificarea acizilor nucleici (AND/ARN)
- amplificarea prin PCR/RT-PCR a AND/ARN  tinta folosind primeri complementari specifici
- hibridizarea produsilor de amplificare la sonde oligonucleotidice specifice tintei
- detectia colorimetrica a hibrizilor.

 

Teste disponibile pentru detecție și/sau cuantificare:

- Virusul imunodeficienţei umane de tip 1 (HIV-1)
- Virusul Hepatitic C (VHC)
- Virusul Hepatitic B (VHB)
- Virusul citomegalic (CMV)
- Clamydia trachomatis (CT)
- Neisseria gonorrhea (NG)
- Mycobacterium avium
- Mycobacterium intracellulare
  • Sistemul Real-Time PCR - RotorGene-Corbett 6200 HRM


Detecţia şi identificarea patogenilor microbieni în context clinic este realizată din ce în ce mai frecvent cu ajutorul Real-Time PCR şi a tehnicilor de hibridizare. Progresele înregistrate de microarray şi adaptarea metodelor de flowcitometrie deschid calea aplicării acestor tehnologii în detecţia directă a patogenilor şi/sau realizarea profilurilor pacienţilor. De la sfărşitul anului 2001 numărul tehnicilor Real-Time PCR destinate investigării agenţilor infecţioşi a crescut spectaculos. Dintre subspecialităţile microbiologiei Real-Time PCR a jucat un rol semnificativ în virusologie, dezvăluind relaţiile dintre agenţi şi manifestările clinice. Tehnicile au fost folosite pentru confirmarea unor genotipuri virale multiple şi pentru discriminarea agenţilor în co-infecţii.